张琪教授从中医学术理论体系入手，总结大量临床经验，认为肾病之水肿、蛋白尿、血尿与脾肾相关，其病机关键为脾、肾功能失调，三焦气化失司，尤其是慢性肾脏病，脾肾阴阳失调贯穿疾病的始终，提出从脾肾论治慢性肾脏病理论。
病证结合治疗肾病
张琪教授主张，一是在中医辨证的基础上，借助西医诊断手段为我所用，以开阔辨证论治、立方遣药的思路；二是对某些疾病中西药有机地合用，能相互协同，增强疗效，去除或减少一些副作用。辨证与辨病相结合是取长补短，相互资助。其多元化思想诊病、治病的临证经验，源于博采众家择善而从的思维，辨证与辨病相结合。
张琪教授认为慢性肾脏病日久大多正虚邪实、寒热错杂，补正则碍邪，祛邪则伤正，必须辨证精细，正邪兼顾，温清并用，攻补兼施，切中病机，方能收效。以慢性肾衰竭为例，本病为慢性肾脏病发展的终末期，病情进行性受损加重，发病机制复杂，兼并症状多而缠绵，寒热虚实，病机错综复杂并见，更非一方一法所能奏效。因此，必须采用重剂复方才能达到寒热并用、攻补兼施、扶正祛邪、各方面兼顾的多重作用。
以多元化思想论治肾病
张琪教授多年来对肾脏病的治疗创立了多元化理论，针对病机之错杂的慢性肾衰竭，善用作用相反或性质对立的药物以应对其复杂的发病机制，如散与敛、寒与温并用，消与补兼施，气与血、阴与阳互补，为张琪教授的常用治法，如补脾益肾、清热泻浊、活血化瘀诸法多元化治疗，多法合用体现多元化的思想。
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