先天之本，五脏之根。她认为肾是全身脏腑功能的化源，对人的生长发育、预防疾病、健康延年等方面都非常重要。肾藏之元阴元阳是人体最宝贵的物质与最重要的功能。保护好肾的功能，能促进生长发育，减少疾病与提高疗效，却病延年。
肾气不足，发病内因。邹燕勤认为，肾炎发病的原因，总不越内、外因两端。内因主要是指人的肾气，外因是指外感诸邪、疮毒、药毒。若肾气充足，一是肾之精气阴阳充盛，二是指肾阴肾阳的功能正常；即使外感六淫、疮毒，或使用常规剂量的肾毒性药物，一般都不会发生疾病。发生肾炎与否，决定因素在于肾气的强弱。她强调，肾气在某种程度上可以理解为人的体质，泛指肾的气化功能、人体的正气，也包括调节免疫，抵抗肾炎发生等功能。
维护肾气，治病求本。不论从预防、保健、延寿或治疗疾病来讲，维护肾气都是求本之法。维护肾气，加强肾的气化功能，是邹燕勤治疗肾系疾病的根本原则。她维护肾气的措施有三：
一是在辨证论治方中，根据患者脏腑亏损程度佐以益肾之品，如续断、桑寄生、生地黄、山茱萸之类。二是常据“阴阳互根”之理，于温肾之剂中佐入制首乌、白蒺藜、牛膝之属，以达“阴中求阳”；在滋肾方中伍以淡附片、肉桂、淫羊藿等，以期“阳中求阴”，并少佐枳壳、陈皮等以防腻滞。三是禁用苦寒、辛凉之品以免损伤、克伐肾气，必要时可小量、短期服用；同时注意药物间配合，以兼制其偏。西药抗菌素及磺胺类药物常致伤肾，临床要慎用、少用、尽量不用。
五脏相关，见肾不泥肾
对肾炎水肿的治疗，邹燕勤多从肺、脾、肾着手，以宣肺利水、补气行水、健脾利水、温肾利水、活血利水等为常法。她根据活血化瘀法治疗水肿的论点，提出以“温肾、行血、宣瘀，佐以通畅行气的药物，使肾脏血流不发生障碍”，对“各种慢性肾炎，都用补气养血，化瘀温肾予以整体的根本治疗，以增强抵抗力”，并提出五脏中肺与肾最为娇嫩与柔脆，凡是气候变化、物理刺激、情绪波动，外因与内因各方面，都能影响到肺脏与肾脏。
其治疗不拘泥于肾而强调辨证施治，整体调理，根据病情而注意其他脏器的治疗。例如她重视研究肾脏病中肺的证候而摸索了一套治肺方法，如疏风宣肺、清肺解毒、降肺理气、养肺滋阴，以及金水相生、肺肾同治等法则；研究了肾与脾的关系，强调先天、后天关系更为密切，所以对脾肾气虚、脾肾阳虚证、脾肾气阴两虚证的辨治均丝丝入扣；又注意在临床治疗过程中，肾与肝、心等脏器的关系，采用多脏同治而提高了疗效。
气血冲和，百病莫生。夫百病皆生于气，《素问·调经论》云：“五脏之道，皆出于经隧，以行血气。血气不和，百病乃变化而生，是故守经隧焉。”丹溪亦谓：“气血冲和，百病不生；一有怫郁，百病生焉。”邹燕勤认为，通过活血和络，以运行血气，达到增加肾气的目的，经络血气运行通畅，则百病不生。
补行宣降，重在气化。她认为，五脏之中肾气乃根本，但与五脏相关。在治疗中：
一要补气。针对气虚而言，一者径补肾气，或通过五脏相关及五行化生理论来补脾气、心气和肺气，间接达到益肾气的目的。
补气有以下诸法：补肾气以固根本；补脾气以养先天；补肺气以生肾气，如重用生黄芪30～50克，俾肺气旺，金水相生，上源清则下流畅；补心气以济肾水，常用玉竹、远志、五味子以补心气，济肾水，阴阳平和。
二要行气。目的有二：一是使气机通畅，令“气行则水行”、“行气以渗湿”。临证多采用木香、生姜皮、大腹皮行气，加强利水之功。二是气行则血行，通过行气以活血，常用川芎、苏木、香附、郁金。
三要宣气。主要针对肺气失宣而言。肺气失宣，水失通调，则水肿矣，故一旦外邪袭肺，或痰浊、痰热壅塞肺气，则以宣发肺气为主；肺卫失和，则以宣肺散邪为先；若以咽喉肿痛等肺经热毒证为主，则当清宣肺气；如痰浊、痰热阻肺者，则当宣肺化痰清热为法。
四要降气。适用于急慢性肾炎水湿泛滥，上逆清窍，肺气不利者，治当急降肺气以调水道。此外，胃气上逆者，则以降逆和胃为治。
活血和络，运行血气。活血化瘀法治疗肾病水肿，最早见于邹云翔先生。古人治水肿，不外开鬼门、洁净府、去菀陈莝，从肺、脾、肾着眼，鲜有从活血和络来施治的。邹燕勤宗其父之旨，发挥拓展，认为肾病皆有血气郁滞，络脉运行不畅、肾络闭塞不通的病理，运用活血和络之品常能提高疗效。对慢性肾病久病入络，从血分求之，疗效更为明显。提出 “久病必和络”，根据瘀血程度分别采用和血、活血、破血类药物。
此外，她治疗此类病证，常参以化痰软坚之品，因久病必然痰瘀胶结，佐入生牡蛎、海藻、昆布之类，特别是慢性肾衰、尿毒症之肾络闭塞，肾脏萎缩之证；此外每合清热、解毒、渗湿之品以期使“瘀”势孤也。
久病肾虚，阴阳不足，贵在平衡不偏胜
邹燕勤认为：“久病体虚，阴阳俱不足，只是偏胜而矣。”不论老年肾虚或老年肾炎、肾衰，其所患之病与青壮年有所不同，老年或久病，肾气自虚或渐衰，气血阴阳俱不足，且常兼夹外感、水湿、湿热、瘀血诸邪实。用药上始终要注意：
一是维护肾气，平衡阴阳。久病、老年肾脏病，尤其着重补肾，维护肾气，加强其气化、封藏之功。用药首选性味平和、血肉有情之品。
二是调理脾胃，顾护后天。久病或老年人肾气已衰或自衰，脾胃功能亦日益减退。肾病日久，脾胃功能更加虚弱。故调理脾胃，后天补先天，且脾胃功能健运方能更充分地发挥补益药的作用。
三是注意和络，运行血气。久病、老年肾脏病者由于肾气自衰，正气不足，气血亏损，或由虚而滞或因郁致瘀。
四是勿用攻伐，平药为上。“任有外邪，忌大汗吐下，宜平和药调之。”切忌用伤害肾气之药，克伐肾气之方，即使苦寒、辛凉之品，亦当防止过用。
上焦如羽须轻灵。邹燕勤认为，五脏之中唯肾与肺最为柔脆，而肺为五脏华盖，位居于上，外感六淫，内伤痰饮火热皆可伤肺，治肺为急，用药最贵轻清灵动，切忌过燥过辛。故用药一者轻宣，如用杏仁、桔梗、桑叶、桑白皮之属；二者量小，一般用量为6～10克。
中焦如枢贵健运。她认为，胃主收纳，脾主消化，食而不化，责在脾；不能食，责在胃。脾以健为运，胃以通为补。健脾宜升，如东垣之法，可补中益气、调中益气、升阳益胃，故习用太子参、党参、生黄芪、炒白术、薏仁、山药、红枣、甘草；通胃宜降，如和胃降逆、清热和中、温中散寒，常用生姜、干姜、吴茱萸、半夏、茯苓、竹茹、黄连、肉桂、旋覆花、代赭石。治法不一，其要在于健运。
下焦如权宜沉重。邹燕勤认为，肾系疾病之慢性肾炎肾病、肾功能衰竭，均属此类，病位深处下焦，肾元虚损，或虚实夹杂之证，治非易事，药非轻浅能达病所，久痼之症亦非一日之功。故药量较大，用药偏于补肾之品稍多，又佐以杜仲、续断、桑寄生、牛膝等引经之药，以期药达肾脏或肾府。
邹燕勤认为肾病的辨证，以虚实为纲。暴病多实，久病多虚，多实不是皆实，实中常夹有虚象；多虚不是均虚，虚中亦有挟实候。因此，急性肾炎和慢性肾炎的治疗，是从虚治、从实治还是攻补兼施，不是从急性、慢性来区分，不是从发病时间的长短来分别，而是依据辨证来决定的。
虽然纯虚纯实之证亦有，但以本虚标实者十居七八；特别是慢性肾炎，因此务必重视扶正祛邪。根据不同病程、不同病情、虚实之间、孰轻孰重而灵活处理。对于肾炎肾衰，不论其表里也须分虚实，因多数肾脏疾病以本虚标实为基本病理类型，即使感外邪，亦不离其本虚一面。
此外，尚须分别病变脏腑，如肺、脾、肾、肝、心，或是胃、肠、膀胱诸腑，首犯何经，传于何经何络，方能用药中的。
因人因病，分期分段，辨清标本与缓急
围绕疾病主要矛盾，分期分阶段治疗。例如，慢性肾炎的治疗既要抓住脾肾，又要注意脏腑阴阳气血的整体调理。治疗一般先侧重治其肿，肿退后调治脏腑虚损，治疗蛋白尿并保护肾功能。
厘清标本，辨识缓急，因人因病施治。由于大多肾脏疾病为慢性久病，而肾脏病常见的水肿、腰痛、少尿或多尿、蛋白尿、血尿等也常与肾失封藏、气化不利、开阖失节、水湿内蕴、精微下泄等肾气不足有关，并常涉及肺脾心肝。故治本之法根本在于调节肾之阴阳，或补气，或温阳，或滋阴。并根据合病的脏腑，或补肺益肾，或健脾补肾或滋补肝肾等，培补虚损的脏腑功能。肾病常见的水湿、湿浊、湿热、瘀血、痰湿、肝风等，均为标实之候。
治标即通过多种手段，去除其邪实证候及病理因素。标本既是对立着的矛盾，又常相互联系，相互影响。治标之法有利于邪实去除，而邪去则正安，有利于固本。治本则正气充足，有利祛邪外出。故临证应权衡标本缓急，或治标为先，或治本为主，或标本同治。
治法和缓，平淡之法，方显神奇
孟河名家费伯雄在其《医醇賸义·自序》中云：“不足者补之，以复其正；有余者去之，以归于平。是即和法也，缓治也。毒药治病去其五；良药治病去其七。亦即和法也，缓治也。天下无神奇之法，只有平淡之法，平淡之极，乃为神奇。” 邹燕勤在继承孟河余绪及邹云翔学术思想的基础上，方药更求平淡，治法越发纯粹以精。
治肾衰平补肾元，不用滋腻。慢性肾功能衰竭临床表现为气、血、阴、阳不足，虚弱劳损，且以肾元虚损为主，故在治疗中强调维护肾气，即“保肾元”作用，以求增一分元阳、复一分真阴。扶正祛邪，扶正不用峻补用平补，祛邪亦主张缓攻，治疗中不妄投辛热、苦寒、阴凝之品，防温燥伤阴、寒凉遏阳、滋腻湿滞。而以甘平之剂为主，补而不滞，滋肾不腻，温而不燥，缓缓图治，延缓肾衰发展的进程。
治肾炎健脾补肾，平补为上。邹燕勤对于各种肾炎肾病一般采用平补的原则，鲜用滋腻重浊之品，如健脾每用太子参、党参、生黄芪、炒白术、生薏仁或炒薏仁、茯苓；补肾多用杜仲、牛膝、川断、桑寄生、狗脊以益肾气；玄参、麦冬、旱莲草、女贞子、山茱萸以滋肾阴；当归、枸杞子、桑椹子补血；淡附片、肉桂、淫羊藿、仙茅、鹿角片、巴戟天温肾阳。
循八法知常达变，变法取胜
邹燕勤认为，治病除“汗、吐、下、和、温、清、消、补”8法为常法外，临床中会还经常用到8法之外的变法；究其实质，变法是审因论治，治病求本也。如常用引火归原，塞因塞用，上病下取，下病上取，提壶挈盖，增水行舟，行血以止血，治风先治血等变法获效。
用药轻灵，轻药重投，常用对药
水肿之病，淡渗利水，轻药重投忌攻逐
邹燕勤认为，慢性肾衰竭病程较久，脾肾俱虚，故利水应防伤正，忌峻猛攻逐利水之品，宜淡渗利水，轻药重投，缓缓图之。临证辨治常配合茯苓皮30～50克、车前子、猪苓、冬瓜皮、泽泻、生薏仁、玉米须等15～30克淡渗泄浊。
清热利湿药对。如治疗下焦湿热证者，常用以下清热利湿药对：知母配黄柏治下焦湿热兼有阴虚者；扁蓄合瞿麦用于尿路感染最多；椿根皮常伍白毛藤对于妇科带下病特别有效；石韦合猫爪草治下焦湿热而蛋白尿较多者；车前草配荔枝草清热利湿，尤其对血尿作用较强。
清热解毒药对。对于热毒较盛者，常用清热解毒药对，如白花蛇舌草、蛇莓清解血分热毒，多施于狼疮性肾炎；半枝莲、半边莲治泌尿系肿瘤术后余毒未清者；龙葵、山慈菇抗癌解毒；石打穿与白毛藤治疗肺部热毒。
祛风解毒药对。对于风邪作祟，或内风扰肾出现蛋白尿，或外风犯肾之咽痒痛、皮肤瘙痒诸证，每以祛风解毒药对。如制僵蚕、蝉蜕用于咽痒痛或较多蛋白尿者；全蝎、地龙内风外风均能祛，对于消减蛋白尿作用较强；射干与牛蒡子合用，具有更强的清解热毒，发散风湿，利咽消肿之功；荆芥、防风多用于外风侵袭引起的表证、皮肤疮疖。
活血软坚药对。桃仁与红花是合用最多的药对，具祛瘀生新之功，破血而不伤血；丹参与川芎，活血行气，用于大多数血瘀证；赤芍与牛膝，对于高血压肾病或肾性高血压有无瘀血征象均可合用；玉米须伍丝瓜络，通经络渗利水湿，而无耗伤正气之虞，两味配合，有降低血尿酸作用；昆布与生牡蛎，消水潜降、收涩敛精，对高血压、蛋白尿、降低尿毒症毒素有作用。
渗利泄浊药对。常用苍术、生薏仁，辛散寒降，升降相应，畅利气机化水湿；茯苓皮、车前子，能行皮肤水湿，行水而不耗气，内能利肾水脾湿，利中有补；半夏、生姜和胃蠲饮，用于脾胃水湿痰饮随气上逆之证；凤尾草、六月雪味均淡，具淡渗之功，助邪外出，性均寒凉，有下降之势，迫浊下泄。
补肾药对。制首乌与菟丝子乃平补肾元第一药对；太子参、生黄芪用于补脾肺肾气；续断、桑寄生补肾壮腰，同时起引经作用；制狗脊、枸杞子补肾益气养血；玄参、麦冬补肺肾之阴，多用于肾病兼有咽痛者；女贞子、旱莲草、桑椹子用于肾阴亏虚或阴虚血尿者；制黄精、肥玉竹补肾阴兼益气；生地、山茱萸用于肾阴不足兼有阳虚者。
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